本科共设有47个专业，由于专业任意由学生选择，所以会带来专业的冷热不均。以哈佛二年级学生选择为例：前10位热门专业分别是经济学（235人）、政府学（199人）、社会研究（115人）、心理学（96）、英语（77）、历史（70）、神经生物学（68）、社会学（67）、分子及细胞生物学（65）及应用数学（63）。而后10位冷门专业分别是生物化学（0人）、生物学（1人）、梵语及印度语研究（1人）、天文及天体物理（2人）、日尔曼语言及文学（3人）、民间传说与神话（6）、斯拉夫语与文学（6）、近东语言与文化（8）、妇女与性研究（8）及非洲与非裔美国人研究（10）。二年级共有学生1739人，前10位热门专业共有学生1055人，占61％。就是说哈佛本科生有一大半选择了热门的前10个专业。而后10个冷门专业共计45人，不到3％。
