曼尼托巴大学有分处三处——Bannatyne校区、Fort Garry校区和William Norrie中心。位于市中心McDermot和William两街之间的Bannatyne校区在温尼伯健康科学中心西部，由10栋楼组成。这个综合建筑里有大学的医学和牙齿教学区。牙医系、医药系、医学恢复学院和牙齿卫生学院是这个校区里健康科学单位的主要院系。药剂系和95，000平方英尺的 Apotex Centre在2008年10月16日加入了这个校区。

　　Fort Garry主校区是位于温尼伯南部红河边的综合建筑群，占地233公顷，有超过60个专业在此进行教学与研究工作。

　　另外，由7栋建筑构成的Smart Park大学工业园也设在此，其内入驻多家研究研发组织。

　　位于Selkirk大街的William Norrie中心为市中心居民提供社会工作教育。