耶鲁大学共赞助35个校级运动队参加常青藤联赛、美东大学体育联赛、新英格兰地区校际帆船联赛。耶鲁大学还是美国NCAA(全国大学体育联盟)的一级成员。同其他的常青藤联盟成员大学一样，耶鲁并不提供专门给运动员的奖学金，也同样并不再跻身于篮球和美式足球的优质球队中。然而，耶鲁大学却是美式足球的发源地，是由当时的球员及教练Walter Camp在十九世纪末二十世纪初期从橄榄球和英式足球中借鉴来的。耶鲁拥有大量的体育设施，包括耶鲁大球场(因其形状也被称为“耶鲁碗”，也是美国超好座这样形制的球场)、Walter Camp Field体育中心、Payne Whitney体育/健身馆、Corinthian游艇俱乐部(建于1881年，是世界上超好个大学游艇俱乐部，并培养了多名奥运会运动员)。
耶鲁大学的吉祥物是被称为“Handsome Dan”的牛头犬，作为一种凶猛的猎犬，它代表了学校的体育精神。通常在重大的体育比赛上Handsome Dan都会出现在赛场，尤其是在每年热门的“耶鲁-哈佛大球赛”上。耶鲁大学许多在体育比赛上演奏的歌曲都有“Bulldog,Bulldog,Bow Wow Wow!”的歌词。每一届Handsome Dan去世之后学校都会将其制作成标本陈列在Payne Whitney体育馆和其他场所，然后在全国范围内甄选勇猛威武的牛头犬继任。于2005年4月26日继任。
耶鲁大学还有一支铜管仪仗乐队，支持耶鲁的运动员。这支乐队在所有的主场美式足球赛上表演，和许多其他的比赛。
耶鲁学院在12个住宿学院之间进行的业余体育联赛是学生生活中的一个重要部分，也是许多历史长久的学院之争(一种友好的竞争关系)的重要部分。每年共分三个赛季，包括秋季、冬季和春季，每个赛季都包括超过十种项目，其中大约一般都是男女混合参赛。体育比赛的项目除了正式项目外，还有保龄球，台球等项目。每学年末，获得分数超高的学院会被授予Tyng杯。
骷髅会
骷髅会(Skull and Bones,The Order of Death,The Order,Cooperation Star,The Eulogian Club,and Lodge 322,The Skulls)
在美丽的耶鲁大学校园内，有一幢希腊神庙式的小楼，几扇狭长小窗终年紧闭，整幢建筑笼罩着一种神秘色彩，这个并不起眼的建筑就是美国超神秘也是超有权势的同学会所在地。这里从不对外人开放，始终保持着自己特立独行的诡异色彩和精英风格，而且它还有一个令人不寒而栗的名字叫“骷髅会”。骷髅会有着极其神秘的入会规则，更令人望而生畏的是它的会员名单，从这个骷髅会里走出了3位美国总统、2位超高法院大法官，还有无数美国议员以及内阁高官。经过172年的繁衍生息，从美国白宫、国会、内阁各部、超高法院以至于中央情报局，骷髅会的成员几乎无所不在。
当年当美国总统布什与民主党总统候选人约翰·克里激烈地竞争美国总统宝座时，美国人惊讶地发现，尽管这两位总统竞选人来自不同党派，拥有迥异的政见和纲领，但却不约而同地保守着一个惊人的秘密，他们都是骷髅会的成员，克里于1965年入会，布什则在两年后也进入了骷髅会。神秘的骷髅会开始浮出水面。
起源
威廉·亨廷顿·罗素是美国耶鲁大学1833届毕业生，他后来成为康涅狄格州立法机构成员和该州国民警卫队的一位将军。在德期间，罗素结识了德国一个名叫“骷髅会”的秘密会社的头目。这个会社是欧洲18世纪一个臭名昭著的先知组织的魔鬼式派生物，不过该会社的宗旨、会员精神以及严格的入会条件和组织方式，给罗素留下了深刻的印象。1832年，罗素回到耶鲁大学，他决定创立一个比耶鲁大学其它会社或兄弟会更加仪式化、更加秘密、更加提倡共济会式团结互助宗旨的会社。随后罗素纠集了班上超有前途的同学阿方索·塔夫脱(阿方索·塔夫脱后来成为国防部部长、总检查官、驻澳大利亚公使、驻俄罗斯大使，其子威廉·塔夫脱后来成了第27任美国总统，他是1887届会员)，正式创办美国版的“骷髅会”。经过170多年的自我繁衍，内阁、参众两议院、超高法院、中央情报局等部门都掌控着至大权力的“隐形帝国”。在“骷髅会”里，每个成员都有各自的外号，如“长魔”是给该会超高的会员，“玛各”(Magog)则是给该会性经验超丰富的成员，老布什就享有玛各这个“美誉”。至于小布什，因为他入会时，其他成员都不晓得该叫他什么，索性就给他取个“暂时”(Temporary)的外号。
精英组织
精英组织(Phi Beta Kappa)由威廉玛丽学院的5名学生于1776年创建，总部在威廉玛丽学院内，该组织的成员包括17位美国总统, 38位联邦超高法院大法官，136位诺贝尔奖获奖者。还有科波拉导演，前女国务卿赖斯，亚马逊创始人，facebook CEO，比尔·克林顿等等一大批美国精英，是全美影响超广超有声誉的校园组织，能够加入该组织是全美大学生超高的荣耀。
