华文独中在办学上极具特色。除强调母语教学的优势外，也列马来语和英语为必修必考科目，要求学生掌握三种语文基础。在教育观点上，推崇“德、智、体、群、美”五育并重。因此，各独中皆设有教务处、训育处、课外活动处和辅导处。
华文独中的学制与美国、苏格兰、中国、台湾、日本等地相似，六年中等教育，以三年初中、三年高中两阶段完成。此外，大部分独中实施留级制度，学生成绩若未达校方所设标准，便不得升班。
在教材方面，独中采用的是董教总全国发展华文独立中学工作委员会所编纂的高、初中统一课本。课本是根据董教总全国发展华文独立中学工作委员会拟订的课程纲要，配合我国教育部所颁发的课程纲要而编纂，以符合独中办学方针。
近十年来，有条件的独中也开办技职教育班，例如电工、家具木工、机械、汽车维修、纺织等，以突显独中办学的多面性。
